Polen, 1945. In een klooster zitten zwangere nonnen - het resultaat van een verkrachting door Russische soldaten. De nonnen houden krampachtig vast aan hun geloof, terwijl een Franse arts hulp probeert te bieden. Een mooie strijd tussen twee werelden.
Les Innocentes geeft een mooi beeld van het geloof, zelfs wanneer het hevig op de proef wordt gesteld. De nonnen in het klooster zijn verkracht, meerdere malen zelfs, en een aantal zijn er zwanger. Toch proberen ze zich aan hun kuisheidsbelofte te houden, zelfs na dit verschrikkelijke voorval.
Een non is de strenge Moeder Overste ongehoorzaam en heeft geen rotsvast vertrouwen in de voorzienigheid van God. Ze zoekt hulp op deze Aarde bij Mathilde, een arts in opleiding die werkt bij het Franse Rode Kruis. De beelden van een non die door een ondergesneeuwd bos loopt, beklijven en zijn prachtig gefilmd. De oorlog mag dan voorbij zijn, de gewonden zijn er nog altijd. Mathilde is begaan met het lot van de nonnen en doet haar uiterste best de zwangeren te helpen, maar de nonnen willen niet aangeraakt worden of hun lichaam tonen, wegens angst voor het vagevuur.